中国科学院水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心、中山大学等机构的研究人员，合作完成了草鱼（Ctenopharyngodon idellus）基因组序列草图的绘制，相关研究成果于2015年5月4日在《自然·遗传学》杂志上在线发表。
草鱼是我国重要的淡水养殖鱼类，也是世界范围内最重要的淡水养殖品种之一，其产量约占全球淡水养殖总量的16%。该研究分别对一尾雌性和一尾雄性草鱼进行了全基因组测序，通过改良的de novo Phusion-meta 拼接，获得雌性（0.9GB）和雄性（1.07GB）草鱼基因组组装序列。基于草鱼多个组织的转录组数据和斑马鱼同源基因信息，在雌性基因组中注释了27,263个蛋白编码基因，完成了其中17,456个基因在草鱼染色体上的定位。
草鱼基因组与现有12种脊椎动物基因组的比较研究发现，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近，它们经历了相似的基因组演化历程，共享7,227个基因家族，草鱼基因组中免疫相关结构域基因家族发生了显著扩张，两者的分化时间大约距今5000万年。共线性分析和FISH检测结果显示，草鱼的第24号染色体对应于斑马鱼的第10和第22号染色体，提示草鱼基因组在演化过程中发生了一次染色体融合，草鱼染色体的融合可能与其性染色体的分化有关。
